Uredbom o proglašenju ekološke mreže Republike Hrvatske (NN 109/07), Nacionalna ekološka mreža u Međimurskoj županiji obuhvaća točkaste lokalitete i područja prikazane i navedene u prilozima 1.1. i 1.2. Uredbe. Područje nacionalne ekološke mreže uključuje prostor uz rijeku Muru kao važno područje za divlje svojte i stanišne tipove čija se granica uglavnom poklapa s granicom Značajnog krajobraza rijeke Mure, a prostor uz rijeku Dravu je važno područje za divlje svojte i stanišne tipove i međunarodno važno područje za ptice.

Područja Nacionalne ekološke mreže su:
HR1000013 Dravske akumulacije
HR1000014 Gornji tok Drave
HR5000013 Šire područje Drave
HR2000364 Mura
HR2000377 Totovec – nalazište crnkaste sase
HR2000613 Stari tok Drave I
HR2000614 Stari tok Drave II
HR2000618 Murščak – šuma
HR2001034 Mačkovec – ribnjak
HR2000373 Kotoriba – šuma

Točkasti lokaliteti Nacionalne ekološke mreže su:
HR2000816 Globetka – livade
HR2000763 Bedekovićeve grabe
HR2000764 Grabe kod Pleškovca
HR2000765 Logožarec
HR2000766 Kreče 1
HR2000767 Kreče 2
HR2000768 Kreče 3
HR2000769 Borovje 1
HR2000770 Borovje 2
HR2000771 Krč
HR2000470 Čep Varaždin
HR2000817 Murščak Turčišče